Matthias Morgenstern ist Judaist und evangelischer Theologe. Zwischen 1978 und 1985 studierte er Evangelische Theologie in Tübingen, Zürich, Bern und Paris und kehrte nach einem zweijährigen Israel-Aufenthalt und seinem Vikariat 1989 nach Tübingen zurück. Dort war er zunächst als wissenschaftlicher Assistent für Altes Testament tätig.
Nach seiner Zeit als Pfarrer in der württembergischen Landeskirche (1994–1999), Promotion (FU Berlin) und Habilitation (Universität Frankfurt am Main) lehrt und forscht Morgenstern seit 1999 am Seminar für Religionswissenschaft und Judaistik / Institutum Judaicum der Universität Tübingen (Evangelisch-Theologische Fakultät). Dort begann er mit der Übersetzung und Kommentierung des Jerusalemer Talmuds und Arbeiten zu den jüdisch-christlichen Beziehungen in der Spätantike am Beispiel des Midrasch Genesis Rabba .
Im Zuge des Reformationsjubiläums 2017 veröffentlichte Morgenstern kritisch kommentierte Neuausgaben der wichtigsten judenfeindlichen Schriften Martin Luthers. Sein besonderes Interesse gilt der jüdisch-christlichen Interaktion in der Renaissance und Reformationszeit auf dem Gebiet der Kabbala und der Entstehung der christlichen Kabbala, besonders in Württemberg (am Beispiel der Lerntafel der württembergischen Prinzessin Antonia in Bad Teinach im Nordschwarzwald, 1673). Im Vorfeld des Tübinger Universitätsjubiläums 2027 arbeitet er gemeinsam mit Wolfgang Polleichtner an einer kommentierten Übersetzung von Johannes Reuchlins Schrift zu den Bußpsalmen (1512).
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