Jahrgang 1949, studierte Geschichte sowie Politik- und Erziehungswissenschaften an der Universität Gießen. Nach seiner Promotion 1979 war er als wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Universität Saarbrücken beschäftigt, an der er sich 1988 habilitierte.
Seit 1992 Professor für Neuere Geschichte an der Universität Jena.
Leiter des Teilprojekts A2 "Von der ständischen zur bürgerlichen Gesellschaft" des Sonderforschungsbereichs 482 "Ereignis Weimar – Jena. Kultur um 1800" und Leiter der Senatskommission zur Aufarbeitung der Jenaer Universitätsgeschichte im 20. Jahrhundert.
Hans-Werner Hahn beschäftigt sich insbesondere mit der Geschichte des Bürgertums sowie des Deutschen Bundes.