Stefan Morent studierte Musikwissenschaften und Informatik an der Universität Tübingen, Blockflöte und Historische Aufführungspraxis bei Kees Boeke sowie Musik des Mittelalters bei Andrea von Ramm und Sterling Jones. 1995 Promotion. 2004 Habilitation als Stipendiat des Graduiertenkollegs "Ars und Scientia im Mittelalter und der frühen Neuzeit". Seit 2008 dort außerplanmäßiger Professor. Er leitete ein u.a. von der Deutschen Forschungsgemeinschaft gefördertes Forschungsprojekt zur "Musikinformatik".
Zahlreiche Veröffentlichungen zur Aufführungspraxis des Mittelalters sowie Einladungen als Gastdozent und Referent bei Akademien, Hochschulen, Festivals und internationalen Kongressen und Symposien in Europa, USA und Australien. Er lehrte außerdem in Trossingen, Wien, Hamburg, Detmold und Köln und folgte 2010 einer Einladung als Visiting Professor an die University of Berkeley/USA. Seither Lehrstuhl- und Professurvertretungen in Heidelberg, Saarbrücken und Paderborn/Detmold.
Er ist künstlerischer Leiter des Festivals für Musik des Mittelalters "Via Mediaeval" in Rheinland-Pfalz und hat mit dem von ihm gegründeten Ensemble "Ordo Virtutum" für Musik des Mittelalters eine umfangreiche internationale Konzerttätigkeit mit zahlreichen preisgekrönten CD-Produktionen entfaltet.